Na terenie SPK znajdują się 4 rezerwaty przyrody, 4 użytki ekologiczne oraz 28 pomników przyrody.

REZERWATY PRZYRODY

"Głazowisko Bachanowo nad Czarną Hańczą" - rezerwat przyrody nieożywionej (geologiczny), utworzony w 1972 roku obejmujący obszar 0,98 ha, na którym znajduje się około 10 tys. głazów narzutowych, spośród których kilka osiąga obwód 6,0 – 8,7 metra. Pochodzą one z rozmycia gliny zwałowej przez wody lodowcowe oraz rzecznolodowcowe i rozmieszczone są w dolinie rzeki Czarnej Hańczy. Na głazach stwierdzono liczne gatunki porostów, m.in. typowe dla terenów górskich. Rezerwat stanowi własność prywatną i jest użytkowany jako pastwisko, co zabezpiecza głazowisko przed zarośnięciem przez drzewa i krzewy. Tereny łąkowe porastają liczne gatunki roślin motylkowych, w miejscach bardziej uwilgotnionych spotykane są różne gatunki storczyków. Rezerwat znajduje się w południowo – zachodniej części Parku, na stoku doliny Czarnej Hańczy.

"Głazowisko Łopuchowskie" - rezerwat przyrody nieożywionej (geologiczny), utworzony w 1988 roku na powierzchni 16,06 ha. Obejmuje obszar wyjątkowy na całym Niżu Europejskim pod względem ilości i rozmiarów nagromadzonych tutaj skandynawskich głazów narzutowych, tworzących głazowisko powierzchniowe. Obszar rezerwatu w 2/3 powierzchni porasta młody las mieszany, pozostała część użytkowana jest głównie jako pastwisko. Stwierdzono tu ponad 200 gatunków roślin naczyniowych, a na głazach spotykane są rzadkie gatunki porostów. Rezerwat znajduje się środkowej części Parku, w obrębie dwóch z siedmiu ułożonych równolegle wałów morenowych zlokalizowanych na wschód od jeziora Hańcza.

"Jezioro Hańcza" - rezerwat przyrody wodno – krajobrazowy utworzony w 1963 roku, obejmuje obszar Jeziora Hańcza o powierzchni 305 ha. Najgłębsze jezioro na Niżu Północnoeuropejskim (108,5 m) o I klasie czystości i charakterze α- mezotroficznym. W jego wodach występują rozległe podwodne łąki tworzone przez różne gatunki ramienic (Chara sp.). Faunę bezkręgową reprezentują m.in. skorupiaki stenotermiczne (chłodno i tlenolubne). Jest  to jezioro typu sielawowego, stwierdzono w nim występowanie 24 gatunki ryb, w tym bardzo rzadkich: głowacza pręgopłetwego (Cottus poecilopus), głowacza białopłetwego (Cottus gobio), strzebli potokowej (Phoxinus phoxinus).  Jezioro zajmuje głęboką rynnę, wyżłobioną w wyniku działalności lodowca i wód podlodowcowych, znajdującą się w zachodniej części Parku.

"Rutka" - rezerwat krajobrazowy, utworzony w 2001 roku na powierzchni 49,06 ha, obejmuje liczne obiekty wyjątkowe pod względem krajobrazowym i przyrodniczym, takie jak: unikalne w skali kraju głazowisko (bruk lodowcowy), kompleks łukowato ułożonych wzgórz morenowych oraz jezioro wytopiskowe Linówek. Teren rezerwatu to przede wszystkim łąki i pastwiska w obrębie których stwierdzono 267 gatunków roślin. Większość gatunków rzadkich i chronionych związana jest z torfowiskiem przejściowym znajdującym się przy brzegu jeziora Linówek.

UŻYTKI EKOLOGICZNE

Jeglówek – jezioro wytopiskowe (pow. 13,5 ha, głęb. 25,5 m) wchodzące w skład kompleksu jezior szurpilskich, otaczających Górę Zamkową. Nazwa jez. pochodzi od litewskiego słowa egle - świerk. Posiada ono bardzo urozmaiconą linię brzegową z licznymi zatokami, półwyspami i wyspami. Jest objęte programem reintrodukcji troci jeziorowej i innych rzadkich gatunków ryb.

Szurpiły – jezioro wytopiskowe (pow. 82,0 ha, głęb. 46,8 m) wchodzące w skład kompleksu jezior szurpilskich, otaczających Górę Zamkową. Jest to drugie (po Hańczy) co do wielkości i głębokości jezioro SPK. Jez. Szurpiły otaczają gliniaste wały moren czołowych i moren martwego lodu. Posiada ono bardzo urozmaiconą linię brzegową z licznymi zatokami, półwyspami i wyspą Pustelnią. Jest objęte programem reintrodukcji troci jeziorowej i innych rzadkich gatunków ryb.

Kojle - jezioro (pow. 19,38 ha, głęb. 20 m) wchodzące w skład kompleksu jezior kleszczowieckich. Ma silnie rozwiniętą linię brzegową z malowniczymi zatokami i półwyspami, otoczone lasami porastającymi piaszczyste, kemowe wzgórza. Jest objęte programem reintrodukcji troci jeziorowej i innych rzadkich gatunków ryb.

Perty - jezioro (pow. 21,56 ha, głęb. 30 m) wchodzące w skład kompleksu jezior kleszczowieckich. Ma silnie rozwiniętą linię brzegową z malowniczymi zatokami i półwyspami, otoczone lasami porastającymi piaszczyste, kemowe wzgórza. Niegdyś stanowiło jeden akwen z jeziorem Kojle, obecnie przedzielone są wąskim zabagnionym przesmykiem. Objęte programem reintrodukcji troci jeziorowej i innych rzadkich gatunków ryb.

POMNIKI PRZYRODY

Pomniki przyrody – stosunkowo niska lesistość terenu Parku oraz brak większych powierzchni starodrzewów w istniejących obecnie lasach decyduje o szczególnie ważnej roli przyrodniczej i krajobrazowej występujących tutaj starych, dorodnych drzew. Dlatego 16 pojedynczych drzew oraz 2 grupy drzew objęto ochroną jako pomniki przyrody. Wiele z nich znajduje się w parku podworskim w Starej Hańczy oraz w okolicy Dzierwan. Prawdopodobnie niektóre (np. jesion w okolicy Jaczna) „pamiętają” czasy gdy królowała tutaj puszcza. Z krajobrazem Suwalszczyzny nierozerwalnie związana jest obecność głazów narzutowych, przyniesionych przez lodowiec ze Skandynawii. Spośród nich 10 jest pomnikami przyrody. Z niektórymi związane są ciekawe legendy (np. o Jegli i Żaltisie). Niekiedy pełniły one rolę naturalnych „słupków granicznych” wyznaczających obszary poszczególnych puszczy (np. „Głaz Graniczny” nad jeziorem Hańcza dzielący niegdyś Puszczę Merecką i Przełomską).