Największy wpływ na obraz współczesnej szaty roślinnej SPK, miała gospodarcza działalność człowieka. Na przestrzeni pięciuset lat większość lasów na tym obszarze wycięto, a uzyskane w ten sposób tereny przekształcono w pastwiska, łąki i pola uprawne. Zachowane kompleksy leśne również zmieniły swój charakter. Znacznie zmniejszył się udział gatunków liściastych, a zwiększył udział świerka i sosny. Człowiek przyczynił się również do osuszenia części torfowisk. Mimo silnego przekształcenia flora SPK jest bogata - występuje tu około 700 gatunków roślin zielnych. Wśród nich 44 gatunki podlegają ochronie całkowitej (18 gat. storczykowatych) oraz 14 ochronie częściowej. Takiej różnorodności sprzyja duże urozmaicenie rzeźby terenu oraz różnorodność środowisk. Specyfiką Parku jest obecność wielu elementów charakterystycznych dla strefy borealnej m.in. dominujący w drzewostanie lasów świerk pospolity, wielosił błękitny, rdestnica szczecinolistna, grążel drobny, grzybieńczyk wodny, grzybienie północne. Mniejszy udział mają gatunki subarktyczne, górskie, południowe, atlantyckie i subatlantyckiej.

Pierwotny charakter zachowały jedynie fragmenty lasów w północnej części Parku takie jak łęg olszowy porastający źródliska w obrębie tzw. „wiszących torfowisk”, łęg gwiazdnicowo–olszowy oraz bór łochyniowy. Ponad 60 % powierzchni SPK stanowią grunty rolne, łąki i pastwiska. Na niektórych pastwiskach można spotkać rzadkie w tej części kraju murawy kserotermiczne oraz płaty muraw napiaskowych.

Najbogatszym pod względem florystycznym jest związany suchymi, lecz żyznymi siedliskami zespół suchej łąki pienińskiej w odmianie subborealnej. Obok traw dominują w niej rośliny motylkowe oraz zioła o barwnych kwiatach. W jeziorach mezotroficznych znajdują się rozległe podwodne łąki, utworzone przez różne gatunki ramienic. W jeziorach eutroficznych stwierdzono obecność 41 zespołów roślinnych, z których część ma charakter borealny i subborealny.

Stwierdzono tutaj 231 gatunków porostów, co dla obszaru o stosunkowo niewielkiej powierzchni oraz znacznym przekształceniu krajobrazu jest wyjątkowo wysoką liczbą. Na terenie SPK znajdują się m.in. stanowiska rzadkich porostów naskalnych: galaretnicy sztywnej i kruszownicy strojnej.

DODATEK:

Lista roślin występujących na terenie SPK, podlegających ochronie całkowitej i częściowej