Fauna SPK ma cechy charakterystyczne dla fauny środkowoeuropejskiej oraz północno i wschodnioeuropejskiej. Przewaga gruntów rolnych, brak większych kompleksów leśnych a zarazem obecność licznych jezior i zabagnień znacząco wpływają na obraz fauny tego terenu.

Najmniej poznany jest świat bezkręgowców. W wodach rzeki Czarnej Hańczy, żyją organizmy przystosowane do wartkiego prądu i wymagające czystych wód. Należy do nich wypławek alpejski – płaziniec charakterystyczny dla wód górskich, mszywioły oraz chłodnolubne mięczaki. W powstałym przez spiętrzenie wód rzeki Stawie Turtulskim występuje nadecznik stawowy - gąbka słodkowodna uznawana za biologiczny wskaźnik czystości wody. W Jeziorze Hańcza występują liczne skorupiaki pochodzenia skandynawsko – bałtyckiego (m.in. Palasiolla quadrispinosa - relikt polodowcowy). Stwierdzono tu również jedyne w Polsce stanowisko widłonoga wód syberyjskich Eurytemora gracilis. Do gatunków reliktowych w jeziorze Hańcza zaliczają się również: należący do mięczaków sadzawczak drobny oraz pijawka Theromyzon maculosa. W niewielkich zbiornikach śródpolnych licznie występuje podlegająca ochronie pijawka lekarska. Na niektórych jeziorach podjęto próby reintrodukcji i ochrony rzadkiego raka szlachetnego. Stosunkowo dobrze poznane są motyle dzienne SPK (53 gatunki). Ponadto na terenie Parku prowadzono prace inwentaryzacyjne takich grup owadów jak:  chrząszcze, ważki i muchówki.

W samym jeziorze Hańcza stwierdzono 24 gatunki ryb. Obok gatunków typowych dla wód głębokich, czystych i dobrze natlenionych (sieja, sielawa, stynka) występują tu bardzo rzadkie: głowacz pręgopłetwy i koza. Spośród drapieżników warto wymienić: szczupaka, miętusa, okonia i węgorza. Ponadto w kilku jeziorach SPK reintrodukowano troć jeziorową. SPK obfituje w wartko płynące cieki wodne o dobrze natlenionej wodzie, w których odpowiednie warunki do życia znajduje pstrąg potokowy, głowacz białopłetwy i strzebla potokowa.

 Gromadę płazów reprezentują traszka grzebieniasta i zwyczajna, kumak nizinny, grzebiuszka ziemna, 4 pospolite gatunki żab i 3 ropuch. Obecnie podejmowane są próby reintrodukcji rzekotki drzewnej. Spośród gadów można spotkać jaszczurkę zwinkę i żyworódkę. Dawniejsze informacje dotyczące występowania padalca, zaskrońca i żmiji zygzakowatej a nawet żółwia błotnego obecnie nie są potwierdzone.

Na terenie SPK odnotowano 140 gatunków ptaków. Ze środowiskiem wodnym związane są m.in.: zimorodek, nurogęś, bąk, łabędź niemy, perkoz dwuczuby, łyska oraz kaczki: głowienka, czernica i gągoł. Poza tym w obrębie szuwarów gniazduje błotniak stawowy, często też można tu usłyszeć charakterystyczne głosy trzciniaka, trzcinniczka, brzęczki i strumieniówki. Na terenach leśnych występują m.in.: orzechówka, dzięcioł czarny oraz orlik krzykliwy. Charakterystyczna dla terenów otwartych jest białorzytka, wykorzystująca do gniazdowania usypiska kamieni zbieranych z pól. W zadrzewieniach śródpolnych mają swoje gniazda m.in. grzywacz, wilga i kobuz. W sezonie wiosenno - letnim na  terenie SPK i otuliny przebywa ok. 120 par bociana białego.

Obszary leśne, tereny łąk, bagien i upraw polowych zamieszkują liczne drobne ssaki, m.in. smużka, będąca reliktem polodowcowym. Na terenie SPK stwierdzono 9 gatunków nietoperzy. Prawdziwą rzadkością jest jedna z dwóch w Polsce kolonia rozrodcza nocka łydkowłosego, znajdująca się na strychu zabytkowego drewnianego kościoła w Jeleniewie. Popularne tu ziemne piwnice przydomowe zapewniają dla części gatunków nietoperzy odpowiednie warunki hibernacji. Z większych ssaków występują: jenot, borsuk, lis, tchórz, wydra, gronostaj, łasica. Od wielu lat jest to jeden z rejonów Polski o najwyższej liczebności bobra europejskiego. Właśnie tutaj odławiano osobniki które dały początek populacjom tego gatunku w innych częściach naszego kraju. Tereny leśne zamieszkuje dzik i sarna. Kompleksy leśne w północnej części SPK stanowią korytarz ekologiczny łączący Puszczę Romincką z Puszczą Augustowską, dlatego okresowo pojawiają się tu migrujące jelenie, łosie i wilki.

DODATEK:

Lista zwierząt występujących na terenie SPK, podlegających ochronie całkowitej i częściowej